Sejarah GKIm Ka Im Tong Cabang Batam dimulai pada tahun 2004 ketika Pdt. Samuel Soewandi yang mengadakan perjalanan ke Singapura dengan transit di Batam menawarkan kepada Pdt. Daud Tjung dan istri yang sudah selama 3 tahun berdiam dan melayani di sebuah pos Pekabaran Injil. Akhirnya mereka sama-sama mendoakan rencana tersebut.
Setelah mendapat persetujuan dari Majelis GKIm Ka Im Tong Bandung selaku jemaat induk, maka lantai dua dari Toko Buku Betlehem Batam disewa untuk dijadikan tempat ibadah sementara dan perintisan GKIm Ka Im Tong Cabang Batam. Maka dimulailah suatu sejarah baru di dalam pelayanan memperluas Kerajaan Tuhan. Pada tanggal 6 Februari 2005 diadakanlah kebaktian pertama dengan kehadiran ± 10 orang. Pada tanggal 15 Mei 2005 diadakan pembukaan Cabang Batam. Selanjutnya dimulailah kelas Sekolah Minggu dan Persekutuan Pemuda.
Jemaat yang baru dirintis ini sungguh bersyukur kepada Tuhan atas karya Tuhan yang sungguh ajaib. Suatu hari Pdt. Samuel Soewandi menyatakan visi dan misi pelayanan kepada Ibu Limiati Chondro/ Ibu Lim Ie Ing, seorang ibu yang sangat mengasihi Tuhan dan telah banyak memberi dukungan untuk Jemaat-Jemaat GKIm dan Gereja-gereja lainnya. Ibu Limiati Chondro lalu menyatakan hal tersebut kepada putranya, Pnt. Ginawan Chondro, yang bersama Bapak Iteng Johan membuka lahan Superblok Imperium, Batam. Maka mereka kemudian mempersembahkan sebuah ruko di Superblok Imperium dan dipakai sebagai tempat ibadah sejak bulan Agustus 2007. Pada hari Minggu, tanggal 16 September 2007 diadakanlah kebaktian syukur dan peresmian pemakaian ruko ini.
Banyak hal yang Tuhan kerjakan di tengah-tengah Jemaat-Nya ini, dan itu semua membuat Jemaat semakin erat bergandengan tangan untuk mengerjakan misi dari Tuhan Yesus Kristus, Sang Kepala Gereja, sampai Dia datang kembali untuk kedua kalinya. Soli Deo Gloria, segala kemuliaan hanya bagi Allah.
