Sejarah Gloria Bajem Yogyakarta berawal dari pertemuan Pdt. Agung Wibisana dengan Ev. Didik B.C. pada bulan Maret 2009 pada saat Pdt. Agung sedang mengisi pelayanan SOM (Sekolah Orientasi Melayani) di salah satu gereja di Yogyakarta, Ev. Didik B.C. pada saat itu mengungkapkan kerinduannya untuk merintis sebuah jemaat. Pergumulan ini disambut dengan baik oleh Pdt. Agung Wibisana dan Ev. Didik B.C. kemudian mendekati beberapa rekan sepelayanan yang dia kenal, baik dari LPMI, Gloria, Perkantas, dan PMK untuk membagikan kerinduannya merintis sebuah jemaat.
Selama beberapa bulan ada beberapa kali pertemuan antara Ev. Didik dan Pdt Agung untuk mematangkan rencana tersebut, sementara Pdt. Agung menyampaikan hal tersebut dalam rapat Majelis GKIm Jemaat Gloria di Bandung. Ev. Didik mulai mematangkan rencana ini dengan bertemu teman-teman sepelayanan. Pertemuan bersama diadakan di rumah Ev. Didik, dan Pdt. Agung saat itu menyampaikan visi dan misi pelayanan. Yang hadir dalam pertemuan waktu itu yaitu Bapak Bayu Elang, Ibu Ike, Ev. Didik, Pdt. Agung, Bapak Yusuf, Bapak Nandar, Ibu Magdalena, Ibu Dani, dan Sdri. Stefany Santoso.
Beberapa bulan kemudian, Ev. Didik diundang ke Bandung untuk mempresentasikan rencana pelayanan. Majelis merespon rencana itu dan mengadakan percakapan teologi dan administrasi pelayanan, lalu meneguhkan Ev. Didik sebagai penginjil GKIm Jemaat Gloria Bandung yang diutus ke Yogyakarta. Saudara-saudara seiman lalu mulai rutin mengadakan pertemuan, sharing, dan ibadah rumah dengan berpindah-pindah dari satu rumah ke rumah lain. Setelah beberapa bulan, disepakati untuk berkumpul di suatu tempat yang tetap untuk memudahkan koordinasi dan akhirnya mendapat tempat kontrakan sebagai sekretariat di Jalan Nuri No. 9.
Pada tanggal 6 September 2009 diadakan ibadah perdana di Auditorium Bethesda, dipimpin oleh Pdt. Agung Wibisana, dan hadir pula rekan-rekan anggota majelis dari Bandung, ibadah saat itu dihadiri kurang lebih 90 orang.
Setelah beberapa kali melakukan ibadah di Auditorium Bethesda, auditorium tersebut tidak boleh dipakai lagi untuk ibadah setiap Minggu, maka ibadah dipindahkan ke Wisma Imannuel, Jalan Gejayan pada tanggal 1 November 2010. Beberapa waktu kemudian, saat melakukan evaluasi ada beberapa rekan yang merasa tidak terpanggil untuk pelayanan di gereja sehingga tinggal keluarga Bapak Didik bersama keluarga Bapak Yusuf. Seiring berjalannya waktu anggota jemaat mulai bertambah lagi satu persatu, kebanyakan adalah mahasiswa yang sedang kuliah di Yogyakarta.
Memang tidak dapat dipungkiri bahwa kehadiran anggota jemaat naik turun oleh karena kebanyakan adalah mahasiswa. Setelah kurang lebih setahun bersekutu di Wisma Immanuel, maka tahun 2011 tempat ibadah pindah lagi ke Andi Star di Jalan Beo. Sejak itu, mulai bertambah lagi anggota baru.
Di tahun ke-4 dan ke-5, ada penambahan beberapa anggota jemaat lain namun belum mencapai dengan rencana yang dibuat. Pada tahun ke-6, tepatnya 14 Mei 2014 ibadah pindah ke Zaho, Jalan Demangan Baru No. 1. Hari demi hari dilalui dengan berbagai kegiatan untuk menumbuhkan kualitas dan kuantitas jemaat sehingga majelis pusat merasa sudah saatnya memberi kepercayaan untuk mulai belajar mandiri. Tepat pada tanggal 7 September 2015 status Pos PI ditingkatkan menjadi Bakal Jemaat (Bajem), dengan kehadiran anggota jemaat sekitar 50 orang.
Ada banyak permasalahan dan tantangan yang dihadapi oleh anggota jemaat dan pengurus, baik itu pergumulan anggota jemaat, kegiatan pelayanan, dan status anggota jemaat yang kebanyakan adalah pendatang. Kendala ini membentuk mental dan spiritual pengurus dan anggota jemaat agar bergantung sepenuhnya kepada Tuhan Yesus saja seperti visi gereja ini, “Hidup Segambar dan Serupa Kristus”.
Jemaat tetap bersyukur karena melihat Tuhan sedang melatih anggota jemaat dan pengurus untuk berjalan dalam rencana-Nya. Pencapaian yang kita inginkan harus berfokus pada visi dan misi gereja sekalipun tantangan terus ada supaya jemaat terus bergantung sepenuhnya kepada Dia yaitu Yesus Kristus sebagai Kepala Gereja.